学校原址位于京杭大运河源头西侧，在通州现代化国际新城运河核心区搬迁改造范围内，根据通州区教育布局调整规划，学校迁址新建于潞城镇。２０１０年６月７日学校开工建设，２０１１年８月底竣工投入使用。学校建设用地面积６４４０７平方米，建筑面积５２７７０平方米。学校建有初中教学楼、高中教学楼、图书专业楼、行政办公楼、体育馆和报告厅、学生食堂、学生公寓、运动场、地工停车场及相关配套设施，总投资约３、５亿元。设计规模为６０个教学班，其中初中２４个班，高中３６个班，可容纳学生２５８０名。 　　通州区第三中学新校园体现了绿色建筑的设计理念，融入了文化校园、和谐校园、科技校园的设计思路。特别是校园景观引用了大量运河元素，校园中心文化广场将运河具有代表性的五河交汇处的河段图形植入其中，映射出学校的历史感，学生能时刻感受深厚的运河文化。学校整体建筑的建筑曲面轮廓线象征运河的碧波，风帆形状的钟塔喻示着拥有悠久历史的三中将扬帆远航。 　　新三中是一所现代化的完全中学，其不仅整合了三所学校教学资源，调整了学校布局，优化了教育环境，完善了教育配套设施，解决了该地区人民渴望优质教育资源的需求，同时也解决了第三中学原有办学空间不足的问题，为学校下一步创建北京市示范高中打下了坚实的基础。通州区第三中学的建成为通州现代化国际新城教育发展注入了新的活力，将为进一步促进教育均衡发展做出新的贡献。