在长期办学实践中，运河中学对自己的办学优势不断提炼、扩散和升华，形成具有相对稳定的、不可替代的风格和突出的、个性化的办学风貌。学校始终坚持“以人为本”的管理思想，秉承“一切为了学生发展”的办学宗旨，坚持“依法治校，规范办学，追求卓越，争创一流”的办学指导思想，并以“严谨、求实、勤奋、创新”为校训，形成了“和谐发展教育”的办学特色。学校以校本教科研引领教师的专业化发展，鼓励教师成为研究型、学者型专家，建设学习型学校。运河中学“十五”教科研硕果累累，成绩卓著，多项教育科研成果受到市区级表彰；学校实施层次目标管理，建立由学科教师组成的以年级学科教研组长为核心的学科教学中心和由班级任课教师组成的以班主任为核心的教育管理中心，形成了管理层次清晰、目标明确、效率高的“低重心”管理体系；大力推进教育教学的改革，实施层次目标教学，在高中新课程背景下创新教育教学模式，促进各个层次的学生共同发展，使教育教学质量稳步提升并得到社会普遍认可。