学校的前身为山东省工农中学，创建于1950年10月，当时校址在济南市花园庄黄台车站北街。1952年，学校更名为山东省第一工农中学。因上级要求各速成中学附设于有关大学，1953年学校更名为山东师范学院（即今山东师范大学）附近工农速成中学。1955年速成中学停止招生，学校改名为山东师范学院附属中学，招生对象也由干部学院专为小学和初中毕业生。1959年，学校由花园庄迁至山师北街3号现本部校址。因山东师范学院一度迁往聊城市，学校在1969年至1978年改名为山东省济南市第十三中学，1978年又恢复为山东师范学院附属中学。1983年学校改名为山东师范大学附属中学。1985年停止招收初中生，1988年起学校成为只有高中学生的高级中学。2007年，学校位于济南市幸福柳的新校区启用，进一步拓展了学校的发展空间